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熒光標記物質在蛋白的功能研究、藥物篩選等領域也有著廣泛的應用。人們利用熒光標記的多肽來檢測目標蛋白的活性，并將其發(fā)展的高通量活性篩選方法應用于疾病治療靶點蛋白的藥物篩選和藥物開發(fā)（例如，各種激酶、磷酸酶、肽酶等）。因此，多肽的熒光修飾，同樣是多肽合成領域的重要內容。

多肽熒光標記方法與熒光試劑的結構有關系，通常標記在肽段的N-terminus或賴氨酸側鏈。對于有游離羧基的熒光采用的方法與接多肽反應相同，也采用HBTU/HOBt/DIEA方法連接。FITC(異硫氰酸熒光素酯)是多肽，抗體蛋白常用的熒光標記物，當其鏈接在N端α-氨基的時候，在TFA中會發(fā)生Edman degradation反應，為了避免這個副反應的發(fā)生，我們在N端標記的時候需要加一個linker，如2-氨基乙酸，3-氨基丙酸，6-氨基己酸等。

可提供的熒光標記：

5-FITC，5-Fam，Rhodamine B，CY系列（CY3/3.5/5/5.5/7-COOH，

CY3/3.5/5/5.5/7-Mal，sulfo-CY3/5/5.5/7-Mal），ICG系列（ICG-COOH，ICG-Mal，sulfo-ICG-Mal），IRDye800，Super Fluor 系列（效果同Alexa Fluor系列）等。